專任教授(生物醫學組)-中央大學生命科學系資訊網

• 現  職：

1. 國立中央大學 生命科學系 助理教授 (2015~present)

• 學  歷：

1. 紐約州立大學石溪分校  生態和演化學系 博士 (2002~2009)
2. 國立台灣大學  植物病蟲害學研究所昆蟲組 碩士 (1997~1999)
3. 國立台灣大學  植物病蟲害學系昆蟲組 學士 (1993~1997)

• 經  歷：

1. 國立中央大學 生命科學系 助理教授 (2015~present)
2. 佛羅里達大學  博士後研究員 (2014~2015)
3. 加州州立大學爾灣分校  博士後研究員 (2009~2014)
4. 清華大學生命科學所 博士班學生 (2001~2002)
5. 中央研究院分子生物研究所 研究助理 (1999~2001) 

• 介紹影片：https://youtu.be/Vh5egxyPRbE
  
• 授  課
  

  大學部 (中文授課)

  1. 遺傳學

  2. 普通生物學

  3. 昆蟲世界

  4. 演化醫學

   

  研究所(英語授課)

  1. 細胞分子生物學

  2. 生物技術I

  3. 進階細胞分子生物學

  4. 進階生物演化

• 研究領域
  

  本研究室主要以探討生物性狀之演化與遺傳機制為主，目前實驗室正進行的研究主題如下:

  一、翅斑與展示翅膀行為的共同演化:

  分佈於東方區的黃果蠅種群 (Drosophila melanogaster species group)之中， 某些物種 (species)具有雄性專一且不同黑化程度與型式的翅膀，  有些物種的雄蟲在翅膀尖端甚至有一塊非常明顯的黑色斑點 (見圖一) 。具有翅斑的雄蟲在求偶時，會到雌蟲前方進行展示翅膀行為，我們正在進行RNA-seq，檢視造成性別專一的翅斑遺傳因子和種間翅斑形成的遺傳差異， 以及雄蟲腦部基因表現的差異性， 從中研究兩性狀之間的遺傳相關性， 進一步探討此種群翅斑與求偶行為的演化遺傳機制。

   二、種內與種間體色差異之遺傳機制：

  　　昆蟲的體色反映了對生存環境的生物適應，自然界中種內不同族群間的差異處處可見。廣泛分布於東南亞區域的牽牛花果蠅，在台灣以北族群的體色皆黑色，但是在印尼的族群則皆為棕色，另外僅分布於印尼高海拔地區的近緣種—高山果蠅，體色則與台灣牽牛花果蠅近乎相同。我們正利用數量遺傳基因座分析，探討造成種內與種間體色差異的遺傳因子（基因和序列）有何異同，進一步研究生物演化的過程中，獨立演化而來的相同或相似性狀，其遺傳機制異同之處。

  三、高山果蠅全基因組定序組裝：

  　　全基因組序列的資料對遺傳分析影響甚鉅，為了提供良好的基因組資料，我們使用長定序資料（PacBio DNA sequencing）進行高山果蠅的全基因組定序，並且使用轉錄體資料對該基因組進行基因註釋，期待完整的全基因組能夠提供本實驗室和國外其他實驗室良好的工具，以利於研究黃果蠅種群之各種性狀演化。

  四、果蠅體色突變之基因定位和功能分析：

  　　　昆蟲黑色素生合成途徑和遺傳機制大多來自於在黃果蠅基因功能之研究，近年來雖然已有長足的進展，但是還有未臻之處。我們擬定位一個位於Ｘ染色體上，造成體色異常的突變，並研究該基因在黑色素生合成和體色變異中所扮演的角色。

  五、茶樹抗旱相關遺傳因子之鑑別：

  
  

  　　　在全球暖化影響下，乾旱的頻度和嚴重度有日益增加之現象，現存生物中是否存在著抗旱相關的遺傳因子，得以在劇烈的環境變化中持續繁衍呢？本實驗室與茶葉改良場合作，正收集轉錄體定序資料，用以探討台灣重要茶樹品種的抗旱性和抗旱遺傳因子，研究茶樹抗旱分子遺傳機制之餘，也能建立分子標誌，以利未來茶樹育種選拔。

          

  
  

國際期刊(Google Scholar: http://scholar.google.com/citations?user=eT0-xbEAAAAJ)

1. Bryan D Clifton, Jamie Jimenez, Ashlyn Kimura, Zeinab Chahine, Pablo Librado, Alejandro Sanchez-Gracia, Mashya Abbassi, Francisco Carranza, Carolus Chan, Marcella Marchetti, Wanting Zhang, Mijuan Shi, Christine Vu, Shu-Dan Yeh, Laura Fanti, Xiao-Qin Xia, Julio Rozas, Jose M. Ranz. (2020, September). Understanding the early evolutionary stages of a tandem Drosophila melanogaster-specific gene family: a structural and functional population study. Molecular Biology and Evolution 37(9): 2584-2600 (https://doi.org/10.1093/molbev/msaa109)

2. Jonathan H. Massey, Gavin R. Rice, Anggun Firdaus, Chi‐Yang Chen, Shu‐Dan Yeh, David L. Stern, Patricia J. Wittkopp. (2020, July). Co‐evolving wing spots and mating displays are genetically separable traits in Drosophila. Evolution 74(6): 1098-111.  ( https://doi.org/10.1111/evo.13990)

3. Ayush Shekhar Saxena, Matthew P. Salomon, Chikako Matshuba, Shu-Dan Yeh, and Charles F. Baer. (2019, February). Evolution of the mutational process under relaxed selection in Caenorhabditis elegans. Molecular Biology and Evolution 36(2): 239-251. (h https://doi.org/10.1093/molbev/msy213)

4. Vivek Jayaswal, Jamie Jimenez, Robert Magie, Kien Nguyen, Bryan Clifton, Shudan Yeh, José M Ranz. (2018, February). A species‐specific multigene family mediates differential sperm displacement in Drosophila melanogaster. Evolution 72(2): 399-403 (https://doi.org/10.1111/evo.13417)

5. Shu-Dan Yeh, Ayush Saxena, Timothy Crombie, Dorian Feistel, Lindsay M. Johnson, Isabel Lam, Jennifer Lam, Sayran Saber, and Charles F. Baer. (2018, January). The mutational decay of male-male and hermaphrodite-hermaphrodite competitive fitness in the androdioecious nematode C. elegans. Heredity 120:1-12. (https://doi.org/10.1038/s41437-017-0003-8)

6. Clifton, Bryan D., Pablo Librado, Shu-Dan Yeh, Edwin S. Solares, Daphne A. Real, Suvini U. Jayasekera, Wanting Zhang, Mijuan Shi, Ronni V. Park, Robert D. Magie, Hsiu-Ching Ma, Xiao-Qin Xia, Antonio Marco, Julio Rozas, Jose M. Ranz. (2017, January). Rapid functional and sequence differentiation of a tandemly repeated species-specific multigene family in Drosophila. Molecular Biology and Evolution 34(1): 51-65. (https://doi.org/10.1093/molbev/msw212)

7. Yeh, Shu-Dan and John R. True. 2014. The genetic architecture of coordinately evolving male wing pigmentation and courtship behavior in Drosophila elegans and Drosophila gunungcola. Genes, Genomes, Genetics 4(11): 2079-2093 (https://doi.org/10.1534/g3.114.013037)

8. Yeh, Shu-Dan, Marcin von Grotthuss, Kania A. Gandasetiawan, Suvini Jayasekera, Xiao-Qin Xia, Carolus Chan,Vivek Jayaswal, and José M. Ranz.2014. Functional divergence of miRNA transcriptome at the onset of Drosophila metamorphosis. Molecular Biology and Evolution 31(10): 2557-2572. (https://doi.org/10.1093/molbev/msu195)

9. Yeh, Shu-Dan, Carolus Chan, José M. Ranz. 2013. Assessing differences in sperm competitive ability in Drosophila. Journal of Visualized Experiments (78): e50547, (https://doi.org/10.3791/50547)

10. Yeh, Shu-Dan, Tiffanie Do, Mashya Abbassi, and José M. Ranz. 2012. Functional relevance of the newly evolved sperm dynein intermediate chain multigene family in Drosophila melanogaster males. Communicative & Integrative Biology 5: 462-465. (https://doi.org/10.4161/cib.21136)

11. Yeh, Shu-Dan, Tiffanie Do, Carolus Chan, Adriana Cordove, Francisco Carranza, Eugene A. Yamamota, Mashya Abbassi, Kania A. Gandasetiawan, Pablo Librado, Elisabetta Damia, Patrizio Dimitri, Julio Rozas, Daniel L. Hartl, John Roote, and José M. Ranz. 2012. Functional evidence that a recently evolved Drosophila sperm-specific gene boosts sperm competition.  Proceedings of the National Academy of Sciences 109(6): 2043-2048 (https://doi.org/10.1073/pnas.1121327109)

12. Yeh, Shu-Dan, Shain-Ren Liou and John R. True. 2006. Genetics of divergence in male wing pigmentation and courtship behavior between Drosophila elegans and D. gunungcola. Heredity 96(5): 383-395 (https://doi.org/10.1038/sj.hdy.6800814)

13. Prud'homme, Benjamin, Nicolas Gompel, Antonis Rokas, Victoria A. Kassner, Thomas M. Williams, Shu-Dan Yeh, John R. True, and Sean B. Carroll. 2006. Repeated morphological evolution through cis-regulatory changes in a pleiotropic gene. Nature 440: 1050-1053 (https://doi.org/10.1038/nature04597)

14. True, John R., Shu-Dan Yeh, Bernhard T. Hovemann, Tobias Kemme, Ian A. Meinertzhagen, Tara N. Edwards, Shia-Ren Liou, Qian Han, and Jianyong Li. 2005. Drosophila tan encodes a novel hydrolase required in pigmentation and vision. PLoS Genetics 1(5): e63(https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0010063)

專書章節

1. José M. Ranz, Shu-Dan Yeh, Kevin G. Nyberg, and Carlos A. Machado. 2013. Transcriptome Profiling of Drosophila  Interspecific Hybrids: Insights into Mechanisms of Regulatory Divergence and Hybrid Dysfunction. In Polyploid and Hybrid Genomics. Edited by Z. Jeffery Chen and James A. Birchler. John Wiley & Sons. Inc.

研究與教學

1. 108學年度國立中央大學學術研究傑出獎
2. 107學年度國立中央大學創新教學計畫
3. 106學年度國立中央大學課程教學模組
4. 105學年度國立中央大學新聘教師教學補助
5. 104學年度國立中央大學新聘傑出教研人員

1. Genetic Society of America
2. The Society of the Study of Evolution
3. Taiwan Society of Evolution and Computational Biology
   

教授的話：歡迎具有科學研究熱誠的博士後、 博士生、 碩士生和大學生加入研究演化遺傳學和演化基因體學的行列! 請將履歷寄至我的電子信箱，與我約談。

• 博士生

  姓名	國籍
  Ateesha Negi　　娜吉	印度
  Anggun Sausan Firdaus　　安君	印尼

  碩士生

  姓名	國籍
  林毓瑋	中華民國
  許維恩	中華民國
  吳翊綱	中華民國
  Le Hoang Khoi Nguyen　黎黃魁元	越南
  Coni Anggie Kurniasari	印尼

  畢業碩士生

  姓名	就學期間	現況
  林伯駿	2014/09~2017/01	五鼎生物技術公司研究員
  詹家瑋	2016/09~2020/07	欣興電子製程工程師
  陳期揚	2016/09~2020/07	家族事業
  凌稚皓	2018/09~2021/01	濾能股份有限公司工程師